python读取table文件

发布时间：2019-09-20 07:27:16编辑：auto阅读（2276）


    有个table文件， 有时候需要处理header ， 可以用linecache 模块

    #!/usr/bin/env python
# -*- coding: ascii -*-
import linecache
import fileinput
import sys
from collections import defaultdict
inputFile = sys.argv[1]
headerLine = linecache.getline(inputFile, 1).strip()
#print(headerLine)
Probenames = headerLine.split("\t")[1:]
inputH = open(inputFile, "r")

d = defaultdict(list)
for line in inputH:
    if "Sample" not in line:
        z = line.rstrip().split("\t")[1:]
        for num, p_data in enumerate(z):
            if p_data != "":
                d[Probenames[num]].append(p_data)
inputH.close()
print("NameProbe\tdata")
for p in d:
    for x in d[p]:
        #print(x, d[p])
        print("{0}\t{1}".format(p, x))


    当然也可以用 fileinput 模块


    参考：  https://docs.python.org/3/library/fileinput.html#fileinput.isfirstline

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